國家兒童未來館基地位於新板特區第三種特定專用區，簡稱為「特專三」。特專三最早可追溯自清代，屬於擺接平原一部分，且為凱達格蘭族漁獵活動之地，至漢人移入後，促進了農業的發展。日本時代則因縱貫鐵路改線行經板橋，奠定了交通樞紐地位。戰後，大量外來人口移入，加上火車站轉運地利之便，使板橋逐漸繁榮，各面向都市機能逐漸發展。1990年代後因鐵路地下化萬板專案推動，加上板橋站乘客量日增，腹地不敷使用，始有新板特區之規劃，以車站為中心，逐步發展出具備機關、商業娛樂、住宅、文教設施的功能。其中整併當時縣民大道側臺北機務段板橋客車場（板調）、臺北縣團管區、以及菸酒公賣局板橋酒廠等部分用地，即為目前特專三用地，未來將打造首座以兒童為主的國家級館所。
特專三的過去
族群交會之地（1684-1895）
特專三所在地前身可溯自清代統治時期「擺折社」，清末則改隸於淡水廳「擺接堡」，至日本時代隸屬於枋橋區，日本時代末期更名為「板橋街」（板橋市公所，1988）。
對比文獻紀載，現有特專三用地位於清代擺接平原，且鄰近新店溪與大嵙崁溪（今大漢溪），而成為平埔族凱達格蘭族武勝灣社與擺接社漁獵之地，至清代漢人移入後，大規模開發水田。農業逐漸發展，並因水利之便，以河運作為貿易往來之交通工具，更因不同族群陸續移入，成為族群交會之地（板橋市公所，1988、《臺灣百年歷史地圖》）。
奠定交通樞紐地位（1895-1945）
1901年原本行經海山口（今新莊）的鐵路改線經板橋而設置枋橋停車場（後更名為枋橋驛、板橋驛，即戰後舊板橋火車站，約位於今捷運府中站），至1908年縱貫鐵路（部分板橋沿線為今縣民大道）通車後，奠定了板橋交通樞紐地位與經濟發展的基礎，日本總督府也引入了當時新式的工場，如1910萬華臺北製糖所與1937年專賣局板橋酒工場，以因應市場需求。
都市機能擴展（1945-2021）
二戰後至臺北鐵路地下化時期（1945-1985）
二戰後，臺灣省專賣局（後改制為臺灣省菸酒公賣局，即為今臺灣菸酒股份有限公司）與臺灣鐵路管理局成立，持續營運菸酒公賣局板橋酒廠與板橋火車站。菸酒公賣局板橋酒廠所在地即為今板橋火車站與部分特專三用地；板橋火車站則促使板橋後站商圈（現府中商圈）的發展，一度成為板橋最繁榮之地。
為縫合臺北都市發展，1983年「臺北車站鐵路地下化工程」正式動工。然而作為東部與西部幹線列車主要起站的臺北火車站，相關的列車調度設施無法一併地下化，故設立板橋客車場，又稱「板調」，以調度東部幹線列車。板橋客車場即位於今日特專三用地與板橋火車站縣民大道側部分用地。
萬板專案與新板特區時期（1985-2021）
萬板專案延續1990年代鐵路地下化建設，於1992年啟動工程，同期間板橋火車站已無法負荷乘客成長量，且周邊腹地也非常有限，於是1994年公告新板橋車站特定專用區規劃案，簡稱新板特區，除了原有臺鐵之外、已具有高鐵、捷運藍線與環狀線等四鐵共構交通樞紐外，並以車站為中心，打造具有機關、住宅、藝文、商業、娛樂等特定專用區，以大台北地區淡水河西岸的都會中心為願景發展。
其中特專三即整併縣民大道路側板橋客車場部分用地、文化路側板橋酒廠部分用地以及漢生東路側臺北縣團管區用地（即今新北市後備指揮部），作為交通轉運的停車場。
特專三的現在
國家兒童未來館預定地（2021-）
特專三在經歷多次計畫研擬，並廣納當地居民、各界意見後，於2021年獲中央支持，正式核定作為「國家兒童未來館」之基地，除讓親子觀眾方便前往外，期望作為日後其他國家欲設計興建兒童博物館時之參考標竿，並成為臺灣的地標、國際級景點，同時更是孩子的快樂天堂，一同遊戲探索、讓臺灣更好。